學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
確定是重復的內容，不管如何標記都會是算重復率。 http://www. 首先應當明確的是，學術查重并不是只要論文作者將論文的相關部分加上腳注，這樣就會自動將該部分識別為引用部分，那學術究竟識別什么樣的腳注才算是引用呢？
學術論文查重系統 是以章為基本單元的。 比如封面、摘要、緒論都會作為單獨的一章，每一章出一個論文檢測結果，標明重復率。 每一章有單獨的重復率，全文還有一個總的重復率。 有的學校在規定論文是否通過查重時，不僅要求全文重復率不能超過多少，還對每章重復率也有要求，以連續13個字與別的文章重復做為判斷依據的。 所以不能連續超過13字相同，否則就會標紅。 學術查重是以連續13字相似做為依據的，所以只要保證論文中的每一句話都不與他人的內容相似，然后保證任意連續13字都不同，那學術是檢測不出來。
封面、摘要、緒論、第一章、第二章、等等這樣一系列的都會各自分成一個片段來檢測，每一個片段都計算出一個相似度，再通過這樣每章的相似度來計算出整篇論文的總重復率。 當學術查重系統識別到你論文中有某句話涉嫌抄襲的時候，它就會對這句話的前面后面部分都重點進行模糊識別，這個時候判斷標準就變得更嚴格，僅僅加一些副詞或虛詞 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此類詞語）是能夠識別出來的。 在學術查重進行中，檢測系統只能識別文字部分，論文中的圖片、word域代碼、mathtype編輯的公式、是不檢測的，因為檢測系統尚無法識別這些復雜的內容格式。
