論文的所有內容基本包含在內，不過有去處某些部分查重，比如作者名字。
現在一般查重系統的論文查重報告都會有好幾個重復率，比如復制比、去除引用復制比。因此我認為引用還是算在重復率里面的，在寫論文的時候，不僅引用格式要正確，還要注意控制引用的篇幅，不能大段大段的引用。PaperYY、筆桿網等都提供復制比以及去除引用復制比，在這方面樓主查重的時候可以注意看看。
總重復率=重復率+引用率，引用率也算在里面的，所以對于引用的部分也要降重。
一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行學術查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在學術檢測報告當中體現出來，學術報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被學術論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。
因此，論文作者可以適當在論文部分章節中對其他作者的論文或者專著等進行部分引用，但是切忌全文引用或者引用部分過多，盡管隨著學術論文查重愈來愈智能化，學術論文查重已經可以識別大部分引用，但是若作者引用不當或者格式有誤等，都會影響學術論文的查重率。
綜上，應當盡可能注重引用的格式，對于可引用可不引用的部分可以理解他人原意之后運用自己的方式將其表達出來。同時，筆者在這里需要給廣大讀者做個提醒，應當在學術論文查重之前提前了解本校或者雜志社對學術論文查重報告的要求，是否采納去除引用文獻部分的重復率。
