然而，學術查重并非是能夠甄別全部的參考文獻，只有部分相符合格式的參考文獻才會學術甄別，這也就說明只有當參考文獻格式規范且準確的階段，學術才能夠將該部分參考文獻排出在查重范圍之外。
故而，能肯定的說，學術查重不包括格式準確的參考文獻。但是最近導致良多高等學校應屆畢業生的畢業論文參考文獻標紅的景況，這最主要有2種理由，首先是這些學弟的畢業論文參考文獻的格式不正確，格式不正確的畢業論文參考文獻，學術畢業論文系統是不能甄別的，只可以當做畢業論文正文來查重，還有一種理由是這些高等學校應屆畢業生選擇的學術畢業論文系統并不是專業的，只有專業的學術畢業論文系統是有畢業論文格式甄別作用的，導致畢業論文參考文獻標紅的高等學校應屆畢業生要確保自己的畢業論文格式是否準確，選擇的學術畢業論文系統是否專業。
綜上所述，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般來說只針對畢業論文的摘錄部分、外語摘錄部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不會在學術查重范圍之內。
故而，畢業論文編輯大可不必憂心因要羅列非常多的參考文獻在畢業論文中。但是，唯有專業的學術才能夠甄別參考文獻，而且其還有一個前置性情況是參考文獻格式準確，這也說明畢業論文編輯必須到學術不端網的“學術查重入口”等專業的學術查重平臺來查重，且要根據要求創寫參考文獻，保障學術能夠甄別。
