學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
論文參考文獻手動輸入對查重影響大嗎？ 影響很大，手動輸入系統識別不出來的。 只能通過正確的引用方法才能讓系統識別出來，不然你引用的地方都會被標紅。 首先引用之前要保證幾點要求：1、參考文獻出自 學術 、萬方、維普這類網站，就是你的參考文獻出處和你的查重是一個最好，不然可能庫里沒有，那就查不到。
參考文獻是為編撰論著而引用的有關文獻信息資源，主要包括圖書、連續出版物、電子文獻、學位論文、論文集、會議錄、科技報告、專利文獻等。. 參考文獻是研究生撰寫學術論文不可或缺的組成部分，從公開出版物到非公開出版物、從紙質文獻到電子文獻可謂無所不包，研究表明，博士、碩士已發表文章篇均參考文獻分別為11.96篇、6.56篇。. 同時，參考文獻使用不當也會造成過高的文字復制比。. 筆者使用中國學術“科技期刊學術不端文獻檢測系統（AMLC）”、“社科期刊學術不端文獻檢測系統（SMLC）”對某地方高校學報2012年度共6期219篇研究生獨撰或以第一作者來稿的文章進行文字復制比檢測，統計結果如表１所示。. 注：本表中，因碩、博士研究生投稿數量及其學科專業分布差異較大，故未分類統計。.
簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，學術都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷學術是否成功識別了參考文獻等無需查重的內容。 那么，有人可能會說： 干脆在查重前把參考文獻部分刪除不就行了嗎？ 如果你自己掏錢購買的查重服務，確實可以考慮這么做。 但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。
