因此，可肯定的說，學術查重不包括樣式正確的參考文獻。但是近期出現好多高校博士生的畢業論文參考文獻標紅的情形，這主要還是有兩個緣故，首先是這種朋友的畢業論文參考文獻的樣式不精準，樣式不精準的畢業論文參考文獻，學術畢業論文系統是不可以辨別的，只可以當畢業論文正文進行查重，有一種緣故是這種高校博士生應用的學術畢業論文系統無非專業的，僅有專業的學術畢業論文系統是有畢業論文樣式辨別功能的，出現畢業論文參考文獻標紅的高校博士生需要核實我本人的畢業論文樣式是否正確，應用的學術畢業論文系統是否專業。
綜上，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般來說只對畢業論文的摘錄部分、英語摘錄部分、正文部分及附錄部分進行查重，而參考文獻并不會在學術查重范疇之中。
因此，畢業論文寫作者不用憂心因需要羅列眾多參考文獻在畢業論文當中。但是，唯有專業的學術才會辨別參考文獻，另外其有一個前置性條件就是參考文獻樣式正確，這也就意味著畢業論文寫作者該當到學術不端網的“學術查重入口”等專業的學術查重網站進行查重，且要按照要求寫參考文獻，保障學術會辨別。
